Basic information   
Locus name LOC_Os01g66120
OrganismRice (Oryza sativa)
Taxonomic identifier[NCBI]
Function categoryTranscription regulation:NAC
Effect for SenescenceUnclear
Gene DescriptionNAC-domain containing protein 2, putative, expressed
EvidenceMolecular evidence: SSH, Northern blot and RT-PCR [Ref 1]
References
1: Liu L, Zhou Y, Zhou G, Ye R, Zhao L, Li X, Lin Y
Identification of early senescence-associated genes in rice flag leaves.
Plant Mol. Biol. 2008 May;67(1-2):37-55

Gene Ontology
biological process
molecular function
Protein-Protein Interaction
STRING
SequenceLOC_Os01g66120.1 | Genomic | mRNA | CDS | Protein
miRNA Interaction      
Details
target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR1424
mfe: -25.5 kcal/mol 
p-value: 0.030900 

position:  1336 
target 5' U                  G   G 3' 
           GCAAUU GCAUCGG GUG CAU  
           UGUUAG CGUAGUC CAC GUA  
miRNA  3'        U       A         5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR160a
mfe: -37.2 kcal/mol 
p-value: 0.004410 

position:  1405 
target 5' C                   U 3' 
           GGUAUACAGGGGGCUAG C  
           CCGUAUGUCCCUCGGUC G  
miRNA  3' A                 C U 5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR160b
mfe: -37.2 kcal/mol 
p-value: 0.004601 

position:  1405 
target 5' C                   U 3' 
           GGUAUACAGGGGGCUAG C  
           CCGUAUGUCCCUCGGUC G  
miRNA  3' A                 C U 5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR160c
mfe: -37.2 kcal/mol 
p-value: 0.003479 

position:  1405 
target 5' C                   U 3' 
           GGUAUACAGGGGGCUAG C  
           CCGUAUGUCCCUCGGUC G  
miRNA  3' A                 C U 5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR160d
mfe: -37.2 kcal/mol 
p-value: 0.004117 

position:  1405 
target 5' C                   U 3' 
           GGUAUACAGGGGGCUAG C  
           CCGUAUGUCCCUCGGUC G  
miRNA  3' A                 C U 5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR160e
mfe: -37.7 kcal/mol 
p-value: 0.004280 

position:  1404 
target 5' U                    U 3' 
           CGGUAUACAGGGGGCUAG C  
           GCCGUAUGUCCCUCGGUC G  
miRNA  3'                    C U 5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR160f
mfe: -32.6 kcal/mol 
p-value: 0.012284 

position:  1405 
target 5' C     A             U 3' 
           GGUAU CAGGGGGCUAG C  
           CCGUA GUCCCUCGGUC G  
miRNA  3' A     A           C U 5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR1846a-5p
mfe: -36.7 kcal/mol 
p-value: 0.010710 

position:  249 
target 5' C  U  G         C   C 3' 
           GC GC CCGGCCUCC CAU  
           CG CG GGCCGGAGG GUG  
miRNA  3' U  C  G         A   A 5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR1846b-5p
mfe: -36.7 kcal/mol 
p-value: 0.013267 

position:  249 
target 5' C  U  G         C   C 3' 
           GC GC CCGGCCUCC CAU  
           CG CG GGCCGGAGG GUG  
miRNA  3' U  C  G         A   A 5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR1846c-5p
mfe: -36.7 kcal/mol 
p-value: 0.014205 

position:  249 
target 5' C  U  G         C   C 3' 
           GC GC CCGGCCUCC CAU  
           CG CG GGCCGGAGG GUG  
miRNA  3' U  C  G         A   A 5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR1850
mfe: -23.3 kcal/mol 
p-value: 0.013507 

position:  1220 
target 5' U     G                A 3' 
           GGAUU GAU UGGAUUAGACAG  
           UCUAA CUA ACUUGAUUUGUC  
miRNA  3' U         C              5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR1857-5p
mfe: -25.4 kcal/mol 
p-value: 0.053853 

position:  1045 
target 5' U        A      C      U 3' 
           CCUCAUGU CUGGGG AAGCCA  
           GGAGUACG GGUUUU UUUGGU  
miRNA  3'          A               5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR1884a
mfe: -25.8 kcal/mol 
p-value: 0.049576 

position:  689 
target 5' G     C  C G             G 3' 
           GUGAG AG G CGGCGGCGUC CA  
           UACUU UU C GUUGCCGCAG GU  
miRNA  3'            A          U    5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR2104
mfe: -36.7 kcal/mol 
p-value: 0.012655 

position:  252 
target 5' U      G  C     A       C 3' 
           GCGC C GC UCCCC UCGCCGU  
           UGCG G CG AGGGG AGCGGCG  
miRNA  3' G    A    U               5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR319a
mfe: -30.9 kcal/mol 
p-value: 0.009957 

position:  924 
target 5' U        A           C 3' 
           GGGAGCGC CCUUC G CCA  
           CCCUCGUG GGAAG C GGU  
miRNA  3'                U A   U 5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR319b
mfe: -30.9 kcal/mol 
p-value: 0.012464 

position:  924 
target 5' U        A           C 3' 
           GGGAGCGC CCUUC G CCA  
           CCCUCGUG GGAAG C GGU  
miRNA  3'                U A   U 5' 

target: LOC_Os01g66120 
miRNA: osa-miR531b
mfe: -34.6 kcal/mol 
p-value: 0.029173 

position:  985 
target 5' C    U C G            C 3' 
           CGGC C G CGGCCUCGGCGG  
           GCCG G C GUCGGGGCCGCU  
miRNA  3'      U                C 5' 
Ortholog Group      
Ortholog Groups: OG5_135169
AccessionTaxon
NP_001078452Arabidopsis thaliana
NP_171677Arabidopsis thaliana
NP_175696Arabidopsis thaliana
NP_175697Arabidopsis thaliana
NP_188169Arabidopsis thaliana
NP_188170Arabidopsis thaliana
NP_564771Arabidopsis thaliana
NP_567773Arabidopsis thaliana
NP_001044617Oryza sativa Japonica Group
NP_001045016 ( LOC_Os01g66120 ) Oryza sativa Japonica Group
NP_001051682Oryza sativa Japonica Group
NP_001059213Oryza sativa Japonica Group
NP_001060017Oryza sativa Japonica Group
e_gw1.117.35.1Physcomitrella patens subsp. patens
e_gw1.140.53.1Physcomitrella patens subsp. patens
e_gw1.15.275.1Physcomitrella patens subsp. patens
e_gw1.164.18.1Physcomitrella patens subsp. patens
e_gw1.164.26.1Physcomitrella patens subsp. patens
e_gw1.259.28.1Physcomitrella patens subsp. patens
e_gw1.259.4.1Physcomitrella patens subsp. patens
e_gw1.5.134.1Physcomitrella patens subsp. patens
27961.m000091Ricinus communis
28219.m000090Ricinus communis
29648.m002012Ricinus communis
29851.m002359Ricinus communis
Cross Link      
DatabaseEntry IDE-valueStartEndInterPro IDDescription
PANTHERPTHR317191.0E-1341303No hitNA
SUPERFAMILYSSF1019417.9E-626159IPR003441No apical meristem (NAM) protein
PfamPF023652.0E-499133IPR003441No apical meristem (NAM) protein
ProSiteProfilesPS5100559.79159IPR003441No apical meristem (NAM) protein

© Center for Bioinformatics(CBI), Peking University