Basic information   
Locus name LOC_Os01g44120
OrganismRice (Oryza sativa)
Taxonomic identifier[NCBI]
Function categoryOthers:Unknown
Effect for SenescenceUnclear
Gene DescriptionExpressed protein
EvidenceMolecular evidence: SSH [Ref 1]
References
1: Liu L, Zhou Y, Zhou G, Ye R, Zhao L, Li X, Lin Y
Identification of early senescence-associated genes in rice flag leaves.
Plant Mol. Biol. 2008 May;67(1-2):37-55

Protein-Protein Interaction
STRING
SequenceLOC_Os01g44120.1 | Genomic | mRNA | CDS | Protein
miRNA Interaction      
Details
target: LOC_Os01g44120 
miRNA: osa-miR160a
mfe: -33.7 kcal/mol 
p-value: 0.005306 

position:  252 
target 5' A       C         A  C 3' 
           GGCG GC GGGAGCCGG GC  
           CCGU UG CCCUCGGUC CG  
miRNA  3' A    A  U            U 5' 

target: LOC_Os01g44120 
miRNA: osa-miR160b
mfe: -33.7 kcal/mol 
p-value: 0.005525 

position:  252 
target 5' A       C         A  C 3' 
           GGCG GC GGGAGCCGG GC  
           CCGU UG CCCUCGGUC CG  
miRNA  3' A    A  U            U 5' 

target: LOC_Os01g44120 
miRNA: osa-miR160c
mfe: -33.7 kcal/mol 
p-value: 0.004232 

position:  252 
target 5' A       C         A  C 3' 
           GGCG GC GGGAGCCGG GC  
           CCGU UG CCCUCGGUC CG  
miRNA  3' A    A  U            U 5' 

target: LOC_Os01g44120 
miRNA: osa-miR160d
mfe: -33.7 kcal/mol 
p-value: 0.004980 

position:  252 
target 5' A       C         A  C 3' 
           GGCG GC GGGAGCCGG GC  
           CCGU UG CCCUCGGUC CG  
miRNA  3' A    A  U            U 5' 

target: LOC_Os01g44120 
miRNA: osa-miR160e
mfe: -33.7 kcal/mol 
p-value: 0.005988 

position:  252 
target 5' A       C         A  C 3' 
           GGCG GC GGGAGCCGG GC  
           CCGU UG CCCUCGGUC CG  
miRNA  3' G    A  U            U 5' 

target: LOC_Os01g44120 
miRNA: osa-miR164a
mfe: -29.9 kcal/mol 
p-value: 0.011471 

position:  442 
target 5' C    A                U 3' 
           GC C G GCUCUGCUUCUUCG  
           CG G C CGGGACGAAGAGGU  
miRNA  3' A  U   A                5' 

target: LOC_Os01g44120 
miRNA: osa-miR164b
mfe: -29.9 kcal/mol 
p-value: 0.007716 

position:  442 
target 5' C    A                U 3' 
           GC C G GCUCUGCUUCUUCG  
           CG G C CGGGACGAAGAGGU  
miRNA  3' A  U   A                5' 

target: LOC_Os01g44120 
miRNA: osa-miR164f
mfe: -29.9 kcal/mol 
p-value: 0.012363 

position:  442 
target 5' C    A                U 3' 
           GC C G GCUCUGCUUCUUCG  
           CG G C CGGGACGAAGAGGU  
miRNA  3' A  U   A                5' 

target: LOC_Os01g44120 
miRNA: osa-miR1846d-3p
mfe: -32.0 kcal/mol 
p-value: 0.007504 

position:  337 
target 5' G  G  G         C    G 3' 
           UU CC GCGGCGCUG GGUG  
           GA GG CGCCGCGGC CUAU  
miRNA  3' G  G  A                5' 

target: LOC_Os01g44120 
miRNA: osa-miR529a
mfe: -24.8 kcal/mol 
p-value: 0.023608 

position:  199 
target 5' C    U       U  A     A 3' 
           AAGG GGGGGAG GG UACGG  
           UUCU CUCUCUC CC AUGUC  
miRNA  3' C    U                  5' 

© Center for Bioinformatics(CBI), Peking University